Comme presque toujours dans les jardins islamiques, au cœur du Jardin Secret se trouve une source. Les fontaines, les vasques en marbre et les bassins du riad donnent lieu à des jeux de lumière, tandis que le murmure continu de l’eau favorise la sérénité du milieu et l’introspection. La civilisation musulmane considère d’ailleurs l’eau comme un symbole de vie et un signe de l’existence et de la puissance de Dieu, et le paradis est décrit dans le Coran comme des « jardins sous lesquels coulent des ruisseaux ».
Au XIe une tradition hydraulique millénaire et la proximité de la chaîne de montagnes de l’Atlas conduisirent les Almoravides à la réalisation de la première khettara de la cité. La khettara est une galerie drainante souterraine à travers laquelle l’eau était acheminée jusqu’aux mosquées, aux hammams et aux fontaines de la cité. L'eau alimentait aussi quelques grandes demeures, parmi lesquelles figure le Jardin Secret, qui disposait par conséquent d’eau domestique, un privilège rare et un signe supplémentaire de sa richesse. On peut ainsi encore voir aujourd’hui les témoignages du système hydrique initial du riad, formé de conduites, de bassins et de canaux savamment reliés entre eux.